1928年9月20日，馬仲英親自率領(lǐng)5000余人進(jìn)攻甘肅臨潭縣。臨潭城內(nèi)駐守著國民軍一個營，見馬仲英部隊人數(shù)眾多，不戰(zhàn)而逃，馬仲英部隊順利攻占臨潭城。攻占臨潭城后，馬仲英部隊對城內(nèi)的藏族民眾進(jìn)行了屠殺和搶掠，導(dǎo)致1000余名藏族民眾遇難，5000余間房屋被燒毀，引發(fā)了當(dāng)?shù)夭刈迕癖姷膹?qiáng)烈反抗。

拉卜楞寺是藏傳佛教格魯派的重要寺院，也是甘肅南部藏族地區(qū)的政治、經(jīng)濟(jì)、文化中心，擁有大量的財產(chǎn)和土地，周邊居住著10余萬藏族民眾。馬仲英部隊攻占臨潭后，對拉卜楞寺虎視眈眈，當(dāng)?shù)夭刈迕癖姾蜕畟H擔(dān)心拉卜楞寺遭到破壞，決定組織武裝力量進(jìn)行防御。

1928年10月5日，在拉卜楞寺活佛嘉木樣五世的支持下，當(dāng)?shù)夭孛窈突貪h紳商在拉卜楞寺召開會議，成立了“拉卜楞番兵司令部”，由黃正清（拉卜楞寺世俗領(lǐng)袖，嘉木樣五世的姐夫）擔(dān)任司令，邵光宇（回漢紳商代表）為參謀長，黃立中（藏族豪強(qiáng)）為副官長，楊震儒（漢族知識分子）為軍法處長，張文輝（藏族商人）為軍需處長。

1928年10月10日，馬仲英和馬廷賢在圍攻臨夏時遭遇國民軍增援部隊的阻擊，失利后率領(lǐng)約6萬人的部隊，從臨夏西南方向出槐樹關(guān)，經(jīng)麥武和別藏地區(qū)，向臨潭、卓尼和岷縣進(jìn)發(fā)，計劃攻占拉卜楞寺，掠奪寺內(nèi)的財產(chǎn)。10月15日，馬仲英部隊的先頭部隊（約500人）在尕格林（臨潭和卓尼之間的山谷，地勢險要）與拉卜楞番兵司令部的第一團(tuán)（約300人）發(fā)生遭遇戰(zhàn)。

藏兵利用尕格林的山谷地形，在兩側(cè)山坡上設(shè)置埋伏，當(dāng)馬仲英部隊的先頭部隊進(jìn)入山谷后，藏兵立即發(fā)起進(jìn)攻，用土槍和弓箭射擊馬仲英部隊，同時從山坡上滾下巨石，堵塞馬仲英部隊的退路。馬仲英部隊猝不及防，陷入混亂，紛紛向后撤退。藏兵趁機(jī)發(fā)起沖鋒，與馬仲英部隊展開近身搏斗。經(jīng)過兩個小時的激戰(zhàn)，馬仲英部隊的先頭部隊傷亡慘重，12人被殺害，8人受傷，25人投降，其余部隊被迫撤退至別藏地區(qū)。藏兵方面僅有2人受傷，無人員死亡。

尕格林遭遇戰(zhàn)是拉卜楞番兵司令部成立后的第一次戰(zhàn)斗，也是藏民武裝力量首次擊敗馬仲英部隊，極大地鼓舞了當(dāng)?shù)孛癖姷氖繗?，為后續(xù)的防御戰(zhàn)斗奠定了基礎(chǔ)。馬仲英得知先頭部隊失利后，極為憤怒，決定親自率領(lǐng)主力部隊進(jìn)攻拉卜楞寺，誓要報復(fù)藏民武裝力量。

1928年10月20日凌晨，馬仲英和馬廷賢帶領(lǐng)1萬余人的主力部隊，分三路進(jìn)攻拉卜楞寺：馬仲英親自率領(lǐng)一路進(jìn)攻拉卜楞寺的東門（保安大隊的駐地），馬廷賢率領(lǐng)一路進(jìn)攻拉卜楞寺的西門，馬仲杰率領(lǐng)一路進(jìn)攻拉卜楞寺的南門。當(dāng)時，拉卜楞寺的保安大隊僅有150人，駐守在東門的碉堡內(nèi)，面對馬仲英部隊的猛烈進(jìn)攻，保安大隊的士兵頑強(qiáng)抵抗，用土槍和手榴彈還擊。

馬仲英部隊使用步槍和火炮進(jìn)攻碉堡，碉堡的墻壁被火炮轟出多個大洞，保安大隊的士兵傷亡慘重，但仍堅守陣地，沒有撤退。上午10時，保安大隊的子彈和手榴彈耗盡，馬仲英部隊攻入碉堡，與保安大隊的士兵展開近身搏斗。經(jīng)過一個小時的激戰(zhàn)，保安大隊的120名士兵全部被殺害，尸體被遺棄在碉堡內(nèi)，僅有30名士兵突圍成功，逃往拉卜楞寺內(nèi)。

攻占東門后，馬仲英部隊迅速突破拉卜楞寺的圍墻，攻入寺院內(nèi)部。他們首先包圍了增援的甘加藏兵（約500人），甘加藏兵雖然人數(shù)較多，但武器裝備落后，經(jīng)過三個小時的激戰(zhàn)，最終被馬仲英部隊擊敗，300名藏兵被殺害，200名藏兵投降。

隨后，馬仲英部隊開始在拉卜楞寺內(nèi)大肆燒殺搶掠。他們殺害了貢唐羅哲倉大師（拉卜楞寺的四大活佛之一，當(dāng)時年僅28歲），并將其尸體焚燒；放火燒毀了宗喀巴佛殿（拉卜楞寺的核心建筑之一，內(nèi)有大量的佛像和經(jīng)卷），大火燃燒了三天三夜，宗喀巴佛殿被徹底燒毀；洗劫了寺內(nèi)的金銀佛像、經(jīng)卷、唐卡等珍貴文物，共搶走500多尊金銀佛像、1000多卷經(jīng)卷、300多幅唐卡，以及大量的金銀珠寶和糧食布匹。

此外，馬仲英部隊還對寺內(nèi)的僧侶進(jìn)行了屠殺和搶掠，60余名僧侶被殺傷，200余名僧侶被迫逃離寺院。拉卜楞寺作為藏傳佛教的重要圣地，在這場浩劫中遭受了毀滅性的打擊，大量珍貴的宗教文物和文化遺產(chǎn)被破壞，成為河湟事變中最慘痛的文化損失之一。

馬仲英部隊在拉卜楞寺內(nèi)燒殺搶掠的消息傳出后，當(dāng)?shù)鼗貪h紳商極為震驚，他們擔(dān)心馬仲英部隊的行為會導(dǎo)致回藏民族之間世代結(jié)仇，引發(fā)更大規(guī)模的民族沖突，于是決定出面調(diào)解。10月23日，臨夏商會會長馬輔臣、拉卜楞鎮(zhèn)漢紳代表王士杰等10余名回漢紳商，前往拉卜楞寺拜見馬仲英，向他叩頭求情。

馬輔臣對馬仲英說：“尕司令，拉卜楞寺是藏傳佛教圣地，也是西北各民族和睦相處的象征，你如果繼續(xù)燒毀寺院、屠殺僧侶，不僅會遭天譴，還會導(dǎo)致回藏民族之間結(jié)下血海深仇，你我都無立足之地。現(xiàn)在國民軍正在集結(jié)兵力，準(zhǔn)備再次圍剿你，如果我們內(nèi)部發(fā)生民族沖突，只會讓國民軍坐收漁利?！瘪R廷賢也擔(dān)心馬仲英的行為會引發(fā)更大的反抗，勸說馬仲英停止燒殺搶掠。

最終，馬仲英下令停止焚燒寺院，于10月23日下午率領(lǐng)部隊匆忙向青海同仁方向撤退。