萬歷三十九年京察，因遼東任上的出色表現(xiàn)，熊廷弼有望升任遼東巡撫或返回京師任北直隸督學巡按御史。但給事中段然卻力勸吏部尚書孫丕揚將熊廷弼遠放南京，委任為提督南直隸學政。

段然的理由是江南“士風囂悍，所在圍官府、焚縉紳房屋，皆目為藍袍大王，莫敢問”，只有熊廷弼這種文武兼?zhèn)?、手腕強硬者才能整頓江南士林。說得義正言辭，但他并不是真心為朝廷考慮。

萬歷三十七年東林謀劃李三才入閣一案爆發(fā)，東林和非東林展開了長達一年的斗爭（這是明末黨爭的標志性事件）。非東林派系的官員大多希望原禮部侍郎郭正域入閣，段然則站隊李三才一邊。而熊廷弼和郭正域不僅互視對方為知己，還是兒女親家。

另外段然和兵科給事中胡嘉棟是死對頭，萬歷三十八年段然逮住胡嘉棟工作失察的機會發(fā)起彈劾。正是熊廷弼上疏為胡辯解，才讓他免于受過。熊出面救胡的原因是，胡嘉棟在他鄉(xiāng)試時對他有知遇提攜之恩。

所以段然就是在故意下絆子，讓熊廷弼這個楚黨去東林的大本營“整治”東林學子，欲借黨爭之手扳倒自己的敵人。

萬歷三十九年八月，熊廷弼到達南京履任。很快他就發(fā)現(xiàn)了“士風囂悍”的根源，不少學子依仗的不是才學而是地方權貴的裙帶關系。熊廷弼的應對方法也很簡單，親自抓“歲考”，品學兼優(yōu)的提拔，不行的罷黜。

注：“歲考”是針對各府官學生員（廩生、增生、附生）的考評?？荚嚦煽兎至?，一二等可參加鄉(xiāng)試，三等無賞無罰，四等需接受教授懲戒，五等降級，六等革除生員資格。

很快熊廷弼就干出了兩件大事。

其一，據(jù)《定陵注略》記載，常州某公子在考試時作弊被抓，雖然他爹“實力雄厚”，但熊廷弼也沒慣著，讓人把他捆起來打了一頓并關禁閉。該公子的父親，氣得帶人入學府搶人。后在鄉(xiāng)紳的調(diào)停下，熊廷弼才沒有上綱上線。

其二，熊廷弼黜落了東林魁首顧憲成長子顧與渟的生員資格（此時顧憲成還在世）。以顧家的家風和顧憲成的成就，顧與渟不太可能在學問上不合格。熊廷弼這么做可能是看不上顧與渟的人品，以及給江南士子們立“榜樣”。

先生謂諸生不看《性》、《鑒》，無實學，每試必書經(jīng)論四篇，無論者一等，無幫補、無經(jīng)者，文雖工，置五等 … 所拔皆名士，所進皆寒微，所黜皆鄉(xiāng)紳津要子弟，而東林子弟居多。人妄擬先生有意摧東林，至此禍不可解。
《熊襄愍集》

當然也有另一種可能，熊廷弼在刻意針對顧憲成和他身邊的人。因為李三才案后，明朝的黨爭上升了一個層次。不管愿意與否，官員們都得站隊（熊其實和部分東林官員私交頗好）。無人能獨善其身，熊廷弼也跳不出這個染缸，這也是明朝的大不幸。

很快針對熊廷弼的報復就來了。萬歷四十年七月，應天巡按御史荊養(yǎng)喬（東林）上疏彈劾熊廷弼“庇護奸人、殺人媚人”兩罪。除此之外，荊養(yǎng)喬在未獲朝廷允準的情況下突然棄官以示抗議。

在熊廷弼上任前太平府發(fā)生了一個案子。生員梅宣祚和他族兄弟梅振祚、梅子祚、梅羽祚、梅俞祚、梅望祚以及湯必守，私下收容一名出奔的婦人徐氏，民間傳言幾人將其私藏家中淫玩。

在審理此案的過程中，宣城生員蘇海望、李茂先、馮應祥、芮永縉等人擺出一副為民請命的模樣，利用生員公舉的特權到南京各衙門鬧事告狀，并四處宣稱案件有黑幕、有人要包庇梅氏等等。

熊廷弼到任一段時間后，這個案子也結案了。判梅振祚、梅子祚、湯必守流徒，其余杖刑并全部革除生員。于此同時有人向熊廷弼檢舉了蘇海望等人的不當行為，熊廷弼查實后就下令杖責以示懲戒，結果芮永縉被當堂打死了。

此案接著引出了第二案，在介紹第二案之前需要先了解一下前案相關人員的背景。

首先，梅家是典型的江南縉紳家族。自嘉靖朝中期，梅家代代都有人中舉人或進士，此時正是梅家最輝煌的時候“兄弟三進士，一門四舉人”。湯必守是宣黨魁首湯賓尹的族人。受害人徐氏的家門也不低，家主是致仕的前刑部尚書（南京）徐元太。

第二案是樁陳年舊案，當年徐家有個女兒起初聘于湯一泰（湯賓尹的族叔），后來徐家嫌棄湯家聘禮太少（湯賓尹發(fā)跡前湯氏并不富裕），又與當?shù)馗蛔迨┘疫_成意向。為了悔掉之前的婚約，徐湯兩家編出了個指腹為婚的故事。

湯家覺得自己被欺負了，就將此事告到了官府。徐家怕一女聘二夫的丑事被戳穿，就逼自己女兒上演跳塘自盡的戲碼意圖逼湯家撤訴。哪知這女孩真淹死了，徐、施兩家就趁勢鼓動人鬧事，湯家不得不息訟，三家也算是結成了仇。后在徐元太的參與下，當?shù)貫檫@個徐氏女孩建了烈女祠。

注：明清時期盛行“死者為大”，不少案件在審理過程中，無理一方會濫用“威逼人致死”的罪名，通過自殘、自殺的手段來逼迫有理方妥協(xié)或逆轉(zhuǎn)案件審理的結果。這在欠債、土地糾紛案件中高頻發(fā)生。

這兩個案子看上都和熊廷弼沒關聯(lián)，但經(jīng)荊養(yǎng)喬的描述就不一樣了。

荊養(yǎng)喬認為對梅氏子弟以及湯必守的判罰太輕，原因是熊廷弼干涉了案件的判罰，其目的是包庇梅家（梅家的梅守和與熊廷弼是同年）以及討好湯賓尹。

另外，熊廷弼在處罰蘇海望、李茂先、馮應祥、芮永縉等生員的判詞里提了句“施湯故智”，這確實是在說第二案。

因為當年徐元太為徐家女建烈女祠并不是自己直接出面，而是由生員馮應祥（就是被熊廷弼打的）等人出的頭。當時的南直隸督學御史（史學遷）就批評這些生員舉止不當，他覺得徐氏一人許兩家在先，并非死于大義，所立之祠當為“淫祠”（后來這個烈女祠被拆了）。

熊的本意是告誡學子們別忘前事，不要過度參與縉紳爭斗被人當槍使。荊養(yǎng)喬則認為熊是在明目張膽的討好湯氏，為幫湯家出氣，故意杖責這幾個生員。

注：馮應祥很有可能是依附于徐家的職業(yè)“訟棍”。他們四處舉告“梅家子弟宣淫案”，也有可能是制造輿論以給官府壓力重判梅氏，因為當時徐家勢力遠不如梅家。

經(jīng)荊養(yǎng)喬的折騰，加上熊廷弼之前的作為，他很快就被推到了風頭浪尖。對于荊養(yǎng)喬的彈劾以及任性去職，神宗命左都御史孫瑋調(diào)查此事，結果孫瑋導致這場斗爭進一步升級。

對于主動棄官的荊養(yǎng)喬，他給出了革職的處理意見；對于熊廷弼，他則以“二御史相爭，必行勘，乃足服其心”為由，建議朝廷命熊廷弼返鄉(xiāng)待勘。

注：“行勘”是指派出御史分別堪問各方說辭并進行調(diào)查核實，最終再給出判罰結論。在這個過程中被勘問的各人需停職并固定場所（非監(jiān)禁但不得隨意遠離，所以一般都會被要求返鄉(xiāng)居?。?。

孫瑋的奏疏上呈至朝廷，神宗同意了孫瑋的建議，這立刻就引爆了黨爭。東林一系的官員紛紛上疏支持孫瑋的處理意見，而楚黨成員則同仇敵愾，群起彈劾孫瑋結黨營私，包庇荊養(yǎng)喬并想構陷熊廷弼。

因為很多楚黨成員本身為御史，是孫瑋的下屬。這搞得孫瑋很尷尬，所以一番大亂斗后，事實沒查出個所以然，孫瑋自己就被迫請辭了。神宗只得派沒有黨派背景的右副都御史徐應登，接手調(diào)查。

萬歷四十一年二月，徐應登上呈了他的調(diào)查抱告，大致為以下三點：

第一，熊廷弼不僅沒有包庇梅氏子弟和湯必守，還“恨不能受刃其同黨”。

第二，蘇海望、李茂先、馮應祥、芮永縉等生員確實收了他人錢財，才假借公舉之名于各衙門告狀鬧事。熊廷弼杖責他們并不違法。至于芮永縉被打死，是他自己身體不好。

第三，沒有實質(zhì)證據(jù)能證明熊廷弼討好湯賓尹。

除此之外，徐應登還評價熊廷弼在履任期間“豪爽英邁，凡事?lián)刹灰伞薄ＵJ為熊廷弼是因力挽江南士風而得罪不了人，才遭到謠言誹謗。

這一下楚黨攻擊孫瑋更甚，孫瑋也開始更為頻繁地請辭。神宗的態(tài)度就值得玩味了，他一方面不真心挽留（真挽留就得處罰幾個彈劾人），一方面又不同意孫瑋的辭職。以至于到了七月，孫瑋已上了25份辭職申請，后被迫學荊養(yǎng)喬，直接撂挑子走人。

另一方面，徐應登雖然證明了熊廷弼的清白，但神宗也不說讓他回任而是讓他在老家繼續(xù)待勘，這一待就待到了萬歷十七年四月遼東已危如累卵。

神宗這是在干什么？說好聽點，他是兩邊各打五十大板，玩平衡。說難聽點，他這就是在故意怠政，想讓朝廷停擺（他想依靠更聽話的宦官治國）。所以清人說“明亡于萬歷”，真沒冤枉他。