解放后不少軍隊(duì)干部轉(zhuǎn)入地方工作，作為身兼軍地兩職的李運(yùn)昌從省一把手調(diào)任部委副部長，在此后的工作中排名和職務(wù)都有不小調(diào)整。

李運(yùn)昌是黃埔畢業(yè)，按照一般情況應(yīng)該留在軍隊(duì)發(fā)揮作用，土地革命和抗戰(zhàn)時期一直從事地下工作和建立根據(jù)地的工作。真正在軍事上發(fā)揮作用，是抗戰(zhàn)時期開辟冀東抗日根據(jù)地，并擔(dān)任冀熱遼軍區(qū)司令，而且率部率先挺進(jìn)東北展開接收工作。

上級一開始給他的職務(wù)也不低，擔(dān)任東北人民自治軍副總司令，東北民主聯(lián)軍副總司令，他麾下1萬多人在開辟東北根據(jù)地發(fā)展到10萬余人，盡管也有良莠不齊的情況，但對出關(guān)作戰(zhàn)起到很關(guān)鍵的作用。

當(dāng)國民黨主力抵達(dá)東北后，他率領(lǐng)一部撤退到關(guān)內(nèi)，擔(dān)任冀熱遼軍區(qū)副司令，也被選為熱河省政府主席。按照職務(wù)分工，應(yīng)該負(fù)責(zé)地方工作，可冀熱遼軍區(qū)的軍事上工作也由他來負(fù)責(zé)，肖克調(diào)走后，程子華作為政工出身需要幫手。

冀熱遼軍區(qū)改編為冀察熱遼軍區(qū)后，他擔(dān)任副司令。

1948年12月，隨著遼沈戰(zhàn)役的結(jié)束，主力部隊(duì)入關(guān)作戰(zhàn)，上級批準(zhǔn)重建熱河省委、省政府、省軍區(qū)，由李運(yùn)昌擔(dān)任省委書記兼省主席，兼省軍區(qū)司令，成為熱河省黨政軍權(quán)力一身。他主持熱河工作1年時間，1949年11月調(diào)離熱河。

期間因?yàn)樯眢w不好，主抓4件大事。第一重建省委、省政府班子；第二向東北局要一批糧食解決災(zāi)荒問題；第三為熱河要來一批大學(xué)生，把他們放到各個領(lǐng)域發(fā)揮作用；第四要回一批騾馬大車，主持熱河的恢復(fù)建設(shè)和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)。

調(diào)任到北京工作后，被安排到交通部擔(dān)任常務(wù)副部長，部長是黨外人士章伯鈞，他說農(nóng)工黨主席，因?yàn)檎螀f(xié)商會議后，多黨合作一下黨外人士擔(dān)任行政職務(wù)也很普遍，傅作義擔(dān)任水利部長，鄧寶珊擔(dān)任甘肅省政府主席，程潛擔(dān)任湖南省政府副主席、主席等等。

他是常務(wù)副部長兼黨組書記，也就是說交通部黨的領(lǐng)導(dǎo)組織工作由他來負(fù)責(zé)。

1952年，在進(jìn)行評級時為行政5級，正部級干部。他擔(dān)任常委副部長2年后，因身體有恙申請一邊休養(yǎng)一邊辦公，上級調(diào)整第一副部長人選，讓王首道擔(dān)任第一副部長，他的排名后移。這樣的情況持續(xù)5年，1958年離開交通部，去黨校學(xué)習(xí)3年。

1962年，被安排擔(dān)任中監(jiān)察委任常委，沒有行政職務(wù)，負(fù)責(zé)黨內(nèi)紀(jì)律工作。

把他安排到該崗位上，或許也考慮到身體情況，相比在中監(jiān)委工作而言，負(fù)責(zé)一個部委或者一省的工作量來說，還是比較輕松一些的。他的身體從解放戰(zhàn)爭時就不好，如果不是身體問題，或許留在交通部也是部長。因因?yàn)樯眢w原因，從常務(wù)副部長到副部長，再到中監(jiān)察委常委，盡管一直是正部級待遇，職責(zé)發(fā)生很大變化。