近日，西北農(nóng)林科技大學(xué)果樹(shù)病害致災(zāi)機(jī)理及綜合防控團(tuán)隊(duì)在Molecular Ecology Resources上發(fā)表了題為“High-Quality Genome Assembly of Diplocarpon coronariae Unveils LTR Retrotransposon-Driven Structural Dynamics in Fungi Evolution”的研究成果。西北農(nóng)林科技大學(xué)博士研究生高承宇為論文的第一作者，黃麗麗教授和馮浩教授為論文的通訊作者。

長(zhǎng)末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs）是真核生物基因組進(jìn)化的重要驅(qū)動(dòng)力，但其在真菌染色體水平上的進(jìn)化調(diào)控機(jī)制尚不明確。該研究以蘋(píng)果褐斑病致病真菌冠雙殼菌（D. coronariae）XN1菌株為材料，完成了其端粒到端粒（T2T）級(jí)別基因組組裝，并結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與人工校驗(yàn)獲得高精度全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本。基于高質(zhì)量基因組與基因結(jié)構(gòu)注釋，該研究鑒定了冠雙殼菌的雙速基因組特征，并構(gòu)建了圖泛基因組。比較基因組學(xué)分析表明，LTR-RTs通過(guò)引起序列與結(jié)構(gòu)變異促進(jìn)了冠雙殼菌菌株間的分化?；阱N舌菌綱（Leotiomycetes）多物種基因組的基因家族分析顯示，LTR-RTs不僅參與物種特異性基因家族的形成，還驅(qū)動(dòng)了基因家族的擴(kuò)張。進(jìn)一步的種間比較分析發(fā)現(xiàn)，冠雙殼菌中特異性存在的年輕染色體Chr15可能起源于保守的拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域（TADs），并隨著LTR-RTs的爆發(fā)式插入而擴(kuò)展形成。

染色體形成新機(jī)制模式圖

https://doi.org/10.1111/1755-0998.70070