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Science丨線粒體DNA突變繼承調(diào)控的核心機理——為預防和治療線粒體遺傳病提供全新思路

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線粒體作為細胞的能量工廠,其通過氧化磷酸化合成三磷酸腺苷的功能對于真核生物的生命至關(guān)重要。然而,這一過程依賴于細胞核和線粒體自身兩個基因組的協(xié)同合作,這是線粒體遠古內(nèi)共生起源的遺留特征。與核基因組不同,線粒體DNA是母系遺傳的,且突變速率極高(約是核基因組的10-30倍),這對其與核基因組的兼容性構(gòu)成了持續(xù)威脅。更復雜的是,每個細胞含有成百上千個mtDNA拷貝,突變通常只影響一部分拷貝,這種狀態(tài)稱為“異質(zhì)性”。雖然異質(zhì)性允許細胞通過野生型mtDNA進行功能補償,但也使得有害突變有可能在群體中積累和擴散。為了應(yīng)對這一問題,生物體在進化中形成了一種“遺傳瓶頸”機制,即在生殖細胞發(fā)育過程中大幅減少mtDNA數(shù)量,從而加速異質(zhì)性等位基因的分離,使有害突變在個體水平上暴露于自然選擇。然而,許多輕度有害的突變?nèi)阅芴用撨@種機制,最終導致疾病。因此,學術(shù)界推測必然存在細胞層面的質(zhì)量控制機制來清除有害的mtDNA突變,但具體機制一直不甚明了。雖然有證據(jù)表明,一種名為“線粒體自噬”的選擇性清除受損線粒體的過程可能是關(guān)鍵機制,但其在體內(nèi)的作用證據(jù)有限。一個核心的悖論是:如果存在有效的質(zhì)量控制機制,為何致病的mtDNA突變?nèi)匀荒軌蚍e累到引發(fā)疾病的水平?

近日,英國劍橋大學臨床醫(yī)學院Patrick F. Chinnery在Science期刊上發(fā)表題為

Ubiquitin-mediated mitophagy regulates the inheritance of mitochondrial DNA mutations
的研究論文,揭示了高負荷的線粒體DNA突變會通過損害泛素蛋白酶體系統(tǒng)來抑制自身的清除機制,而抑制去泛素化酶USP30能釋放潛藏的線粒體自噬能力,有效清除突變,為預防線粒體疾病提供了新策略。


作者首先構(gòu)建了一個攜帶異質(zhì)性tRNA點突變(m.5024C>T)的小鼠模型,該突變對應(yīng)于人類的一種致病性變異。因為已知USP30能去除線粒體蛋白上的泛素標簽,從而抑制由泛素介導的線粒體自噬。因此,為了探討去泛素化酶USP30的作用,作者通過遺傳學方法,將組成性敲除Usp30基因的小鼠與上述突變小鼠雜交,并系統(tǒng)分析了后代小鼠的mtDNA突變負荷,以確定USP30缺失是否影響突變在母系傳遞過程中的純化選擇(即清除有害突變的過程)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)當母鼠攜帶高水平的突變mtDNA時,若其后代(尤其是Usp30-/-型)也遺傳了Usp30的敲除等位基因,則其后代所繼承的突變mtDNA水平(即異質(zhì)性)會顯著降低。這一效應(yīng)呈現(xiàn)出明顯的母體劑量依賴性,并且通過精確的遺傳交叉實驗將這一“純化選擇”事件的發(fā)生時間定位在受精之后、母系-合子轉(zhuǎn)換完成之前的短暫而關(guān)鍵的窗口期。這個時期恰好是胚胎自身基因開始大規(guī)模表達、并清除卵母細胞來源的組分(包括父源線粒體)的階段,與泛素介導的線粒體自噬的激活時機相吻合。


其次,作者發(fā)現(xiàn),當細胞內(nèi)的mtDNA突變負荷(異質(zhì)性)達到一個高水平(通常>60%)時,它本身會觸發(fā)一種負反饋循環(huán),反而抑制了用于清除它的質(zhì)量控制機制。具體的機制是,高突變負荷會損害細胞的泛素-蛋白酶體系統(tǒng)——這是負責給特定蛋白(包括線粒體外膜蛋白)打上降解標簽(即泛素化)的核心系統(tǒng)。蛋白質(zhì)組學和功能實驗均證實,高異質(zhì)性細胞中多個蛋白酶體亞基和泛素化途徑組分的表達下調(diào),導致整個系統(tǒng)的效率降低。其直接后果是,線粒體蛋白的泛素化水平下降,而泛素化正是招募自噬機器進行線粒體自噬的關(guān)鍵“吃我”信號。因此,盡管細胞的一般性自噬(即降解細胞內(nèi)其他成分的能力)并未受損,但針對線粒體的特異性自噬——即線粒體自噬——的流程被阻斷了。這使得功能異常的、攜帶高突變負荷的線粒體得以在細胞內(nèi)滯留和積累。這就像一個垃圾處理系統(tǒng)因為待處理的垃圾太多而本身發(fā)生了故障,導致垃圾無法被有效標記和清運。這完美地解釋了疾病悖論:高突變負荷通過抑制USP30所調(diào)控的上游通路,使自身得以隱身并逃避清除,從而能夠從母體傳遞給后代。因此,本研究成功地解釋了為何致病的mtDNA突變有時能夠逃脫這種質(zhì)量控制機制。


基于上述機制,本研究提出了一個潛在的治療性干預策略。如果高異質(zhì)性抑制了線粒體自噬,那么是否存在一種儲備或潛伏的自噬能力可以被激活?作者通過兩種獨立的策略——遺傳學敲低USP30和使用小分子抑制劑(CMPD39)藥理學抑制USP30——成功地驗證了這一設(shè)想。USP30是一種去泛素化酶,其正常功能是移除線粒體蛋白上的泛素標簽,從而“剎車”線粒體自噬。抑制USP30就等于松開了這個剎車,增強了泛素信號。實驗表明,在正常營養(yǎng)條件下,抑制USP30雖能增加線粒體泛素化,但不足以顯著降低異質(zhì)性。然而,當將細胞置于依賴線粒體氧化磷酸功能存活的壓力條件下(如半乳糖培養(yǎng)基),抑制USP30便能有效觸發(fā)強大的線粒體自噬,并選擇性地降低高異質(zhì)性細胞中的突變mtDNA比例。單細胞分析進一步顯示,這種處理能顯著減少攜帶超高突變負荷(>60%)的細胞數(shù)量。尤為重要的是,這種干預并未對細胞的整體健康度產(chǎn)生可檢測的負面影響,表明這是一種相對安全且特異性的靶向策略。

綜上所述,本研究不僅闡明了mtDNA突變遺傳控制的核心機制和其失效原因,更指出了USP30作為一個富有潛力的治療靶點,通過藥理性抑制其活性來激活機體固有的質(zhì)控系統(tǒng),為預防和治療線粒體遺傳病提供了全新的思路。

https://www.science.org/doi/10.1126/science.adr5438

制版人: 十一

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