【中世紀(jì)始于公元476年，西羅馬帝國滅亡標(biāo)志著其開端；結(jié)束于1453年，東羅馬帝國首都君士坦丁堡被奧斯曼土耳其攻陷為終結(jié)節(jié)點】

公元135年，羅馬皇帝哈德良鎮(zhèn)壓第二次猶太起義后，正式將猶太人驅(qū)逐出耶路撒冷，禁止其返回，猶太人從此進入長達千年的全球流散時期，這一過程被稱為“大流散”。

此后的5個世紀(jì)中，該市一直在羅馬帝國的統(tǒng)治之下，羅馬帝國分裂后由東羅馬帝國管治。4世紀(jì)，東羅馬帝國皇帝君士坦丁一世控制該市期間，耶路撒冷變成一個天主教中心，建造圣墓教堂。當(dāng)時，雖然仍然禁止猶太人居住耶路撒冷，但他們已經(jīng)開始在每年的埃波月九日來到西墻前哭泣。在羅馬帝國分裂后的拜占庭帝國統(tǒng)治下，這座城市在天主教勢力中得到很好的保護。當(dāng)時在宗教方面相對寬容，從5世紀(jì)開始，猶太人重新被允許住在耶路撒冷。

614年開始，因為波斯薩珊王朝和東羅馬帝國戰(zhàn)爭，安條克、包括耶路撒冷和周邊地區(qū)多次因此易主。638年，阿拉伯帝國從波斯手中占領(lǐng)圣地耶路撒冷并消滅了波斯薩珊王朝。在691年，阿拉伯哈里發(fā)阿卜杜勒-馬利克在登霄石，即圣殿山圣殿的原址上建造巖石圓頂。傳說在這個地方亞伯拉罕準(zhǔn)備以他的兒子作奉獻祭，《圣經(jīng)》上記載他奉獻的是小兒子以撒（又譯“依撒格”、“易司哈格”），穆斯林認(rèn)為他奉獻的是大兒子以實瑪利（又譯“依市瑪耳”、“易司馬儀”）。三個世紀(jì)后他們又在這里建造阿克薩清真寺。在穆斯林統(tǒng)治初期，在宗教上比較寬容，住在耶路撒冷的基督徒和猶太人在繳納人頭稅后，可以獲得自治權(quán)。但1010年，埃及的法蒂瑪王朝哈里發(fā)哈基姆下令摧毀耶路撒冷所有的基督教堂和猶太會堂。

1071年塞爾柱帝國在曼齊刻爾特戰(zhàn)役中大勝拜占庭，兩年后（一說五年后）再從法蒂瑪王朝手中奪得耶路撒冷，于是教宗烏爾巴諾二世在歐洲號召十字軍為基督徒奪回圣城。1099年，第一次十字軍包圍了耶路撒冷，一個多月后的7月15日，耶路撒冷被十字軍攻占。十字軍進城后，屠殺了城內(nèi)大多數(shù)穆斯林和猶太人，并在這里建立了耶路撒冷王國，穆斯林不準(zhǔn)入城。1173年，一個來到耶路撒冷的人寫到，耶路撒冷是一座小城市，充滿了東正教教徒、亞美尼亞人、希臘人和格魯吉亞人，只有200名猶太人住在城市的一角。

第一次十字軍攻占耶路撒冷

1187年，埃及穆斯林蘇丹薩拉丁又重新占領(lǐng)耶路撒冷。1219年，大馬士革的蘇丹下令將城墻銷毀。

1228年-1229年，神圣羅馬帝國皇帝腓特烈二世組織第六次十字軍東征，通過與埃及簽定條約，重新得到耶路撒冷。1239年，他開始重建城墻，但不久它們又被拆毀。1243年，基督徒再次占領(lǐng)耶路撒冷，又重建城墻。

1244年，被蒙古帝國亡國的花剌子模王朝在逃亡途中占領(lǐng)耶路撒冷，1247年，花剌子模被埃及人驅(qū)逐。1248年—1254年，教宗意諾增爵四世發(fā)動第七次十字軍，但無法奪回耶路撒冷。

1253年，蒙古第三次西征，擊破多個伊斯蘭國家，1260年，蒙古軍入侵巴勒斯坦，消滅阿尤布王朝，到達加沙，而一些歷史學(xué)者認(rèn)為蒙古人的侵掠延伸至耶路撒冷城內(nèi)，另一些人認(rèn)為該城未有被攻下，甚至沒有被圍城。后來埃及馬木留克王朝在阿音札魯特戰(zhàn)役中擊敗西征殘余的蒙古軍并奪取耶路撒冷，該城的猶太人不得不逃到周圍的村莊避難。1291年耶路撒冷王國的最后一個據(jù)點阿卡城被馬木留克人攻陷，耶路撒冷王國不復(fù)存在。

1517年，奧斯曼帝國占領(lǐng)耶路撒冷，他們控制該城市直到20世紀(jì)，這時耶路撒冷重新開始繁榮，城墻和老城也被重建，城內(nèi)任何宗教都可以存在。

綜上，從政治統(tǒng)治角度，中世紀(jì)耶路撒冷不屬于猶太人，多數(shù)時候猶太人地位特別卑微；但從宗教與文化意義上，它始終是猶太人心中不可分割的圣地，同時也是基督教和伊斯蘭教心中不可分割的圣地。