清朝統(tǒng)治了臺(tái)灣213年，自始至終都由官方主導(dǎo)推崇媽祖信仰，所以清朝媽祖信仰在臺(tái)灣得到了很大的普及和發(fā)展。

史料和文物資料之中都能看出，但凡是去臺(tái)灣履任的清朝文武官員，都會(huì)采用某種方式表達(dá)對媽祖信仰的倡導(dǎo)。

比如，他們非常熱衷于倡導(dǎo)修建媽祖宮廟，根據(jù)地方志和碑文等史料的記載，清朝臺(tái)灣地區(qū)的媽祖廟，有三分之一是官方直接插手創(chuàng)建或者重建的。

臺(tái)灣第一座官建的媽祖廟就是康熙年間修建，是奉旨專征臺(tái)灣的福建水師提督施瑯主持修建的。

在一些水路交通要口或者市集繁榮的地方，著名的媽祖廟大多是官民合建。

清代的官員們不僅熱衷于修建媽祖宮廟，還會(huì)想方設(shè)法為神廟維系香火。官員們都是首先帶頭捐獻(xiàn)地產(chǎn)，比如施瑯主持修建媽祖廟之后，上奏朝廷設(shè)置了官方的莊園，召集民眾來開墾種地，收入都用來維系媽祖廟的經(jīng)費(fèi)。

清朝皇帝向媽祖廟獻(xiàn)匾額也是十分普遍的現(xiàn)象，康熙三二十三年臺(tái)灣府城天妃宮建成，康熙皇帝親自賜匾額：輝煌海澨。后來雍正帝、乾隆帝和光緒帝都曾經(jīng)給臺(tái)灣媽祖宮廟賜匾額。皇帝如此，所以后來來這里履任的官員都紛紛前往宮廟朝拜。

從皇帝到履任的官員都如此重視媽祖信仰，這和當(dāng)時(shí)的政治環(huán)境有著密切的聯(lián)系。

統(tǒng)治者希望通過宣傳媽祖來達(dá)到政治穩(wěn)定的目的。臺(tái)灣一島孤懸海外，鄭氏子孫20多年的統(tǒng)治是客觀存在的，清朝要實(shí)現(xiàn)對臺(tái)灣的治理，一定會(huì)經(jīng)歷一段時(shí)間的磨合期。在乾隆以前，大大小小發(fā)生過很多次沖突，甚至需要大規(guī)模的鎮(zhèn)壓才能平定。

清朝統(tǒng)治者很清楚，僅僅是靠武裝鎮(zhèn)壓是不可能從根本上去解決問題的，想要謀求臺(tái)灣的穩(wěn)定，就需要安撫民心，所以就想到利用媽祖信仰來引導(dǎo)民心歸順朝廷。

最主要的一種方式就是官方將每一次鎮(zhèn)壓暴動(dòng)美化成由媽祖保佑的正義的戰(zhàn)爭，并且通過各種手段來進(jìn)行宣傳。

媽祖從宋代開始，就有幫助官兵擊退金兵、清剿海寇等克敵的神職功能，所以她也有“戰(zhàn)神”的美名。到了清朝，助戰(zhàn)已經(jīng)是媽祖重要的神職之一。

例如當(dāng)年只會(huì)鎮(zhèn)壓朱一貴暴動(dòng)的水師提督藍(lán)廷珍，就在雍正賜臺(tái)南大天后宮匾額上面附款說：康熙辛丑夏四月，余統(tǒng)師平臺(tái)，舟至鹿耳門時(shí)，海潮盈添數(shù)尺，舟師得被勇前進(jìn)，先克安平，皆神明顯應(yīng)之力。

乾隆五十一年，臺(tái)灣發(fā)生了歷史上最大的以林爽文率領(lǐng)的以天地會(huì)成員為主的民暴。

這次天地會(huì)暴動(dòng)之所以引起朝野震動(dòng)，因?yàn)榱植繗⑺懒酥?、知縣等數(shù)十名官員。乾隆皇帝令閩浙總督常青督師入臺(tái)平暴，另調(diào)兩廣總督李侍堯接替閩督，后來因?yàn)槌Ｇ喽綆煵涣Ρ怀窊Q，才改特調(diào)陜甘總督?？蛋惨詺J差協(xié)辦大學(xué)士銜辦理將軍事務(wù)，可以說是相當(dāng)重視。

在整個(gè)平暴的過程之中，乾隆皇帝一直對天后的保佑寄予厚望，一再警告誡常青、李侍堯、福康安等大臣，一定要對媽祖虔誠供奉祭祀。

其實(shí)這種宣傳方式也不是清朝官員的首創(chuàng)，鄭成功收復(fù)臺(tái)灣之后，也有傳說稱潮幫受到了媽祖的幫助。

清朝廷為了穩(wěn)定島內(nèi)，曾經(jīng)多次對臺(tái)灣用兵，參戰(zhàn)的大多都是閔浙沿海的水師，他們大多都信奉媽祖為保護(hù)神。

在渡?；蛘邞?zhàn)爭的過程之中，軍中常常會(huì)遇到幸運(yùn)的事情，所以有著各種媽祖顯靈的傳聞。而作為統(tǒng)兵的將帥，會(huì)肯定這種傳說，因?yàn)樗麄円蚕Ｍ眠@種傳說來凝聚軍心，鼓舞士氣。

軍官們不僅會(huì)一同傳播，還會(huì)將這些“顯靈”的事情上報(bào)給朝廷，請求朝廷的褒獎(jiǎng)。

清朝的官員們身份都比較特殊，大大小小的官員都是從內(nèi)地調(diào)派的，從雍正年之后，無論是文官還是武官都不允許帶著眷屬前往臺(tái)灣任職，雍正只恩準(zhǔn)年四十尚無子嗣的青年官員可以帶一名配偶隨任。

統(tǒng)治者不允許臺(tái)灣當(dāng)?shù)厝嗽谂_(tái)灣當(dāng)官，臺(tái)灣當(dāng)?shù)氐倪M(jìn)士或者舉人，只能前往內(nèi)地任職。

所以，臺(tái)灣的文武官員普遍都非常孤寂，這里沒有親朋，常常會(huì)思念家鄉(xiāng)，就將這種思鄉(xiāng)的情緒寄托在對神佛的崇拜之上。

當(dāng)初他們乘船來到臺(tái)灣的時(shí)候，就向媽祖祈禱過保佑海上平安，媽祖的形象親切慈祥，流落在外的人容易將其視為慈母，這些人將媽祖視為心靈的寄托。

同時(shí)在這里任職的官員沒有任何親人協(xié)助，他們也隨時(shí)可能面對暴動(dòng)，為了自己的性命安全，也為了自己任職期間的政治穩(wěn)定和官場利益，他們也希望媽祖能夠庇佑自己，順利平安度過任期。

到了嘉慶年間，臺(tái)灣的社會(huì)主要矛盾不再是民間的反清運(yùn)動(dòng)，而是不同祖籍地的移民之間產(chǎn)生的矛盾，而且出現(xiàn)了多次族群的械斗，為的例如搶奪水源或者田地等等，后來愈演愈烈，引起的社會(huì)動(dòng)亂已經(jīng)到了非常嚴(yán)重的程度。

這些內(nèi)地的移民主要來自福建的泉州、漳州和廣東。他們供奉的鄉(xiāng)土守護(hù)神各不相同，動(dòng)了后期，為了侮辱對方，他們在械斗的時(shí)候最先對神廟下手，甚至盜走神像，以逼迫對方屈服。

執(zhí)政者為了調(diào)解矛盾就不得不家加大推崇媽祖信仰，因?yàn)閶屪媸俏ㄒ灰晃怀赜?、超階層的神明，以這種方式矛盾慢慢得以平息。

從臺(tái)灣媽祖廟的題匾可以看出，媽祖信仰成了該地區(qū)官民的巨大精神支柱，不僅僅是平民百姓渡海，海上護(hù)軍也是她的神職之一。

另外，媽祖還護(hù)佑著軍民抗擊侵略者，幫助同鄉(xiāng)聯(lián)誼、保佑功名科舉，乃至于賜人醫(yī)藥、祈雨求福等等。

媽祖在臺(tái)灣地區(qū)成為如此重要的水神，和朝廷官員的推廣以及多元化、與時(shí)俱進(jìn)的職能有著密切的關(guān)系。在不同的歷史時(shí)期媽祖都能夠馬上適應(yīng)人們的精神需要，成了護(hù)國神、除寇神、助戰(zhàn)神，