1721年（康熙六十年），清廷在總結收復西藏經驗的基礎上，對西藏行政體制進行了根本性調整。廢除總攬大權的第巴職位，正式設立四名噶倫（藏語“政務官員”之意）聯合主管西藏政務。此次任命的四名噶倫分別為：后藏貴族康濟鼐、前藏貴族阿爾布巴、達賴喇嘛強佐（總管）隆布鼐、后藏貴族頗羅鼐。

這一改革卻徹底觸動了青海蒙古和碩特部貴族的核心利益，其中反應最為激烈的，便是和碩特部首領羅卜藏丹津。

羅卜藏丹津作為固始汗之孫，其父達什巴圖爾曾被康熙皇帝封為“和碩親王”，世襲和碩特部在青海、西藏的統(tǒng)治權。羅卜藏丹津自幼便以“固始汗繼承者”自居，康熙末年，他曾多次向清廷上書，請求繼承祖父在西藏的“汗王”爵位，希望恢復和碩特部對西藏的掌控。但清廷為強化中央集權、穩(wěn)定西藏局勢，明確拒絕了這一請求，此次設立噶倫聯合執(zhí)政，更是徹底打破了羅卜藏丹津的政治幻想，使其與清廷的矛盾徹底激化。

1722年（康熙六十一年）十一月，康熙皇帝病逝，雍正皇帝繼位。權力交接期，清廷將主要精力放在內部穩(wěn)定上，對西北邊疆的軍事部署進行了短暫調整：駐藏清軍部分撤回內地，青海地區(qū)的邊防兵力也有所削減。羅卜藏丹津敏銳地察覺到這一“真空期”，認為發(fā)動反清叛亂的時機已到，開始暗中聯絡青海蒙古各部貴族、格魯派寺院上層人物，籌備叛亂事宜。

1723年（雍正元年）五月，羅卜藏丹津在青海察罕托洛亥（今青海海南藏族自治州共和縣境內）召集青海蒙古各部貴族會盟，正式發(fā)動反清叛亂。會上，羅卜藏丹津宣布廢除清廷封賜的“親王”爵位，自稱“達賴琿臺吉”（“琿臺吉”為蒙古貴族尊稱，意為“太子”或“首領”），改用蒙古舊制，要求各部貴族恢復“臺吉”“貝勒”等舊稱，不再使用清廷封號。

為擴大叛亂勢力，羅卜藏丹津采取“宗教拉攏+軍事脅迫”的雙重策略：一方面，他以“維護格魯派利益”為旗號，聯合青海地區(qū)格魯派三大寺院——塔爾寺（達賴喇嘛母寺，今青海湟中縣境內）、佑寧寺（今青?；ブ磷遄灾慰h境內）、廣惠寺（今青海大通回族土族自治縣境內）的部分宗教上層人物，承諾叛亂成功后，將賦予寺院更大的政治特權和經濟利益；另一方面，對拒絕參與叛亂的青海蒙古貴族，羅卜藏丹津則采取軍事打擊手段，強迫其臣服。

在羅卜藏丹津的煽動和脅迫下，叛亂勢力迅速擴張。據《清世宗實錄》記載，參與叛亂的僧俗民眾達“二十余萬人”，涵蓋青海蒙古和碩特、綽羅斯、土爾扈特等多部，以及部分藏族部落、寺院僧人，叛亂范圍波及青海湖周邊、海南、海北、海西等大部分地區(qū)，形成了“東起河州（今甘肅臨夏），西至柴達木，南抵玉樹，北達涼州（今甘肅武威）”的叛亂格局。

面對叛亂初起的局勢，雍正皇帝最初試圖通過外交途徑平息事態(tài)，避免大規(guī)模軍事沖突。1723年七月，清廷派遣兵部侍郎常壽前往青海海南大河壩（今青海海南州貴德縣境內），與羅卜藏丹津進行會談。常壽攜帶雍正帝的諭旨，明確要求羅卜藏丹津“解散部眾，停止叛亂，歸還所掠財物”，并承諾若其悔過自新，清廷可既往不咎，保留其貴族爵位。

此時的羅卜藏丹津已被叛亂初期的“勝利”沖昏頭腦，不僅拒絕了清廷的招撫，反而認為常壽是清廷的“間諜”，下令將其扣押，并派人前往準噶爾汗國，請求策妄阿拉布坦出兵支援，試圖形成“東西夾擊”清廷的態(tài)勢。羅卜藏丹津的這一行為，徹底斷絕了和平解決的可能，雍正皇帝意識到必須采取堅決的軍事行動，才能平定叛亂，維護西北邊疆的穩(wěn)定。

青海蒙古各部對叛亂的立場也出現明顯分化。和碩特部親王察罕丹津（羅卜藏丹津的堂叔）堅決反對叛亂，始終堅持與清廷保持良好關系，多次拒絕羅卜藏丹津的拉攏和脅迫。1723年八月，羅卜藏丹津派遣數萬叛軍進攻察罕丹津的駐地。青海黃河南岸（今青海同仁縣境內），察罕丹津率部頑強抵抗，但因兵力懸殊，最終戰(zhàn)敗，被迫率部退至甘肅臨夏老鴉關（今甘肅臨夏縣境內），向清廷請求支援。察罕丹津的叛亂，進一步暴露了羅卜藏丹津叛亂的分裂本質，也讓清廷更加堅定了平叛的決心。

1723年秋冬季，叛亂勢力達到鼎盛。九月，叛軍分兵東進，攻占河州境內的多個城堡，直逼甘肅內地；十月，叛軍主力進攻西寧周邊，連續(xù)攻占申中堡、鎮(zhèn)海堡、北川堡等戰(zhàn)略要地，切斷了西寧與內地的交通聯系；十一月，叛軍甚至一度攻入西寧城內，燒毀清軍糧倉和軍械庫，西寧城陷入危急之中。此時，清廷在青海的駐軍僅有數千人，難以抵擋叛軍的迅猛攻勢，西北邊疆的統(tǒng)治面臨嚴峻挑戰(zhàn)。

面對嚴峻的局勢，雍正皇帝于1723年十月正式任命川陜總督年羹堯為“撫遠大將軍”，駐扎西寧，統(tǒng)籌平叛事宜；任命四川提督岳鐘琪為“奮威將軍”，作為副將軍，協(xié)助年羹堯指揮清軍作戰(zhàn)。為確保平叛成功，雍正皇帝下令從陜西、四川、甘肅、內蒙古等地調兵十萬余人，分四路進入青海，形成對叛軍的包圍態(tài)勢。

年羹堯抵達西寧后，迅速制定了軍事圍剿與政治瓦解相結合的策略。

“穩(wěn)扎穩(wěn)打、分路合圍、突襲大本營”的平叛策略。1724年（雍正二年）正月，年羹堯判斷叛軍主力集中在青海湖以西的柴達木盆地（今青海海西蒙古族藏族自治州境內），決定由岳鐘琪率領輕騎突襲叛軍大本營，打叛軍一個措手不及。當時正值冬季，青海草原大雪紛飛，氣溫低至-30℃，道路被積雪覆蓋，行軍極為困難。岳鐘琪率領五千清軍輕騎，冒著嚴寒，晝夜兼程，從西寧出發(fā)，沿青海湖南岸西進，避開叛軍的巡邏部隊，于正月二十日凌晨抵達柴達木盆地的羅卜藏丹津大本營。

此時的叛軍因連日作戰(zhàn)疲憊不堪，且認為冬季大雪封山，清軍不可能發(fā)動進攻，放松了警惕。岳鐘琪下令清軍發(fā)動突襲，叛軍毫無防備，頓時陷入混亂，紛紛潰散。羅卜藏丹津見大勢已去，來不及組織抵抗，便換上藏族服飾，率領少數親信騎馬逃亡準噶爾汗國，其妻子、子女及核心親信均被清軍俘獲。此次突襲，清軍以極小的代價，殲滅叛軍萬余人，繳獲大量的牛羊、馬匹、軍械和糧草，徹底摧毀了叛軍的主力。

隨后，清軍分路追擊殘余叛軍，至1724年三月，青海境內的殘余叛軍全部被殲滅，羅卜藏丹津叛亂正式平定。

1724年五月，年羹堯向雍正皇帝上奏平叛捷報，稱“西陲逆賊羅卜藏丹津等背棄國恩，招其同惡，殘其骨肉，侵犯邊城，朕命年羹堯換度機宜，指磨將士，犁庭掃蕩，迅奏膚功”，雍正皇帝閱后大喜，下旨稱贊年羹堯、岳鐘琪“運籌帷幄，決勝千里”，并對兩人及參與平叛的清軍將士給予重賞。