1689年，清朝和沙俄簽訂了《尼布楚條約》，劃定了中俄東段邊界，規(guī)定以額爾必齊河，額爾古納河，外興安嶺為中俄東段邊界。這就從法律上確定了黑龍江和烏蘇里江流域，包括庫頁島在內(nèi)的廣大領(lǐng)土屬于中國。

對于尼布楚條約，清朝雖然吃虧了，但很多學(xué)者還是認(rèn)為這是平等條約，和1840年之后，清朝簽訂的不平等條約有著很大不同。因為1689年，清朝和沙俄是在平等的基礎(chǔ)上進(jìn)行的談判，然后簽訂了《尼布楚條約》，清朝沒有像1840年之后那樣，是在戰(zhàn)敗或者被迫的情況下簽訂條約。

但這些學(xué)者也承認(rèn)，清朝確實在尼布楚劃界吃虧了，對沙俄作出了領(lǐng)土讓步。比如簽訂條約的尼布楚地區(qū)，就被劃給了沙俄。尼布楚地區(qū)位于額爾古納河以西，1689年劃歸俄國，現(xiàn)在名為涅爾琴斯克，歸屬俄羅斯外貝加爾邊疆區(qū)。那么清朝打贏了雅克薩之戰(zhàn)，為何尼布楚劃界卻吃虧了呢？

第一，對沙俄缺乏了解。沙俄這個國家的前身是莫斯科大公國，領(lǐng)土局限在莫斯科周邊地區(qū)。13世紀(jì)時期，受到蒙古金帳汗國統(tǒng)治。15世紀(jì)金帳汗國瓦解后，沙俄崛起，不斷向東擴(kuò)張。1636年，沙俄已經(jīng)擴(kuò)張到了鄂霍次克海，1644年清朝入關(guān)時期，沙俄已經(jīng)擴(kuò)張到了黑龍江流域。1657年，沙俄建設(shè)了雅克薩城和尼布楚城，作為入侵黑龍江流域的據(jù)點(diǎn)。

沙俄侵略軍以這兩個據(jù)點(diǎn)為中心，在黑龍江流域燒毀村莊，殺掠人口，搶奪糧食和貂皮，給當(dāng)?shù)卦斐闪藝?yán)重人員傷亡和財產(chǎn)損失。當(dāng)時清朝正忙于關(guān)內(nèi)戰(zhàn)爭，無暇顧及沙俄，清朝雖然多次敦促沙俄退出黑龍江流域，但始終遭到沙俄拒絕。

直到1685年，清朝平定三藩之亂后，才開始著手解決沙俄問題。1685年5月，清朝起兵約2500人，包括寧古塔1500人，盛京兵500人，藤牌兵500人。當(dāng)時雅克薩的沙俄軍隊約450人，清朝首先敦促沙俄投降撤軍，遭到拒絕后，清朝搗毀了沙俄在雅克薩周邊地區(qū)建設(shè)的據(jù)點(diǎn)，使雅克薩成為孤城。

這場戰(zhàn)爭，沙俄傷亡慘重，向清朝乞降，并要求保留武裝，清軍表示了同意，沙俄軍隊得以帶著武裝撤到了尼布楚。清軍取勝后，也撤離了雅克薩。但清朝沒有完全消滅沙俄軍隊，清軍一撤走，沙俄侵略軍又返回了雅克薩，沙俄又從莫斯科派了600援軍來增援。

到了1686年，清軍再次起兵2000多人包圍了雅克薩城，這次雅克薩的沙俄軍隊達(dá)到了826人。八月，清軍開始攻城，經(jīng)過幾個月的圍困和攻打，沙俄軍隊死傷慘重，眼看著即將城破，沙俄再次表示投降，要求遣使進(jìn)行邊界談判。清朝表示同意，下令撤圍，當(dāng)時雅克薩的沙俄侵略軍還剩下66人。

其實清朝在雅克薩之戰(zhàn)兩次同意沙俄投降，沒有將其殲滅，主要是因為對沙俄不夠了解。沙俄從歐洲東部一路擴(kuò)張而來，戰(zhàn)線太長，缺乏補(bǔ)給。如果清朝直接將沙俄侵略軍殲滅，就可以在后續(xù)尼布楚劃界上占據(jù)更大優(yōu)勢。但清朝不夠了解沙俄，兩次雅克薩之戰(zhàn)，都沒有完勝，這就增加了后續(xù)尼布楚談判沙俄的底氣。

第二，準(zhǔn)噶爾問題。當(dāng)時清朝剛剛平定三藩之亂，亟待解決準(zhǔn)噶爾問題。準(zhǔn)噶爾是蒙古衛(wèi)拉特四部之一，17世紀(jì)中期，準(zhǔn)噶爾不斷崛起，1670年，噶爾丹繼位后，準(zhǔn)噶爾的實力更加強(qiáng)盛。噶爾丹野心勃勃，一直試圖統(tǒng)一蒙古各部，恢復(fù)元朝時期的歷史榮光，因此清朝將準(zhǔn)噶爾視為最大威脅。當(dāng)時準(zhǔn)噶爾還不斷和沙俄勾結(jié)，試圖和沙俄組成軍事同盟，以及得到沙俄武器援助。

1688年，噶爾丹率領(lǐng)準(zhǔn)噶爾軍隊進(jìn)攻喀爾喀蒙古，當(dāng)時喀爾喀蒙古的土謝圖部正在抵抗沙俄入侵，將沙俄侵略軍包圍在了色楞格斯城堡。準(zhǔn)噶爾軍隊入侵，導(dǎo)致土謝圖部腹背受敵，幫助沙俄軍隊解了圍。準(zhǔn)噶爾軍隊擊敗了喀爾喀，擄掠大量人口和牲畜，給喀爾喀蒙古造成了很大損失。

眼看準(zhǔn)噶爾不斷強(qiáng)大，并且和沙俄不斷勾結(jié)，清朝試圖快速解決和沙俄的劃界問題，以便專心解決準(zhǔn)噶爾問題。綜合這兩方面原因，清朝打贏了雅克薩之戰(zhàn)，卻在尼布楚劃界吃了虧。