1950年1月29日，臺(tái)灣保密局特務(wù)頭子谷文正通過追查拷問，抓住了中共臺(tái)灣省工委書記“老鄭”蔡孝乾，蔡孝乾雖然在隨后乘機(jī)脫逃，但卻使得來到臺(tái)灣開展情報(bào)搜尋工作的中共特派員朱楓的身份得以暴露。

后續(xù)，臺(tái)灣保密局的特務(wù)門則順藤摸瓜，將已經(jīng)獲悉風(fēng)聲，躲藏在舟山定海的朱楓給抓住，朱楓被捕后，臺(tái)灣保密局的特務(wù)們則從她從手中的“特別通行證”，查到了國(guó)防部參謀次長(zhǎng)吳石的身上。

吳石是臺(tái)灣當(dāng)局中位高權(quán)重的人物，臺(tái)灣保密局的特務(wù)們頗多忌憚，則是將這個(gè)情況上報(bào)給了局長(zhǎng)毛人鳳，毛人鳳則是在報(bào)告給蔣介石后，獲得他的命令后，對(duì)吳石采取了嚴(yán)密偵查的措施。

2月28日，臺(tái)灣保密局的特務(wù)們誘騙吳石的夫人王碧奎來到保密局進(jìn)行問話，經(jīng)過一番誘問，臺(tái)灣保密局的特務(wù)們從吳石的夫人王碧奎口中獲悉了朱楓曾來到家中與吳石進(jìn)行了見面和接觸，這就使得吳石“潛伏者”的秘密身份就此逐漸曝光，在蔣介石的直接過問和授意下，吳石在家中被捕。

就在吳石被捕的同時(shí)，臺(tái)灣保密局的特務(wù)們對(duì)躲藏在嘉義農(nóng)村的老鄭”蔡孝乾進(jìn)行了搜捕，結(jié)果，在鄉(xiāng)下躲藏近兩個(gè)月的蔡孝乾經(jīng)在鎮(zhèn)上吃飯時(shí)，再次暴露身份，被臺(tái)灣保密局的特務(wù)們?cè)俅巫プ　?/p>

蔡孝乾第二次被捕后，在保密局特務(wù)們的威逼利誘之下，竟屈服叛變，供出了潛伏在臺(tái)灣的地下黨名單，使得吳石徹底暴露了身份，被臺(tái)灣當(dāng)局以“叛逆”罪名關(guān)進(jìn)了大牢之中。

吳石被關(guān)押的大牢是保密局管轄的一個(gè)日式監(jiān)獄，吳石所在的牢房面積很小，環(huán)境極其惡劣，不到5平米，卻關(guān)押了十幾個(gè)人，吳石剛關(guān)押到此時(shí)，極度不適應(yīng)這種環(huán)境，休息不好，睡眠極差，導(dǎo)致他身體狀況出了問題，多虧在監(jiān)所醫(yī)生的建議下，吳石所在的牢房減少了人數(shù)，才使得吳石在監(jiān)所的生活環(huán)境有所改善。

除此之外，保密局的特務(wù)們?cè)诒Ｃ芫志珠L(zhǎng)毛人鳳的授意下，對(duì)吳石試用酷刑，反復(fù)對(duì)吳石進(jìn)行審訊，想要讓吳石妥協(xié)和屈服，吳石始終沉著應(yīng)對(duì)，堅(jiān)貞不屈，就是在這樣一種身處險(xiǎn)境的境遇之下，吳石依舊將所有事情都扛了下來， 以此保護(hù)了其他“戰(zhàn)友”。

吳石在這所日式監(jiān)獄中，度過了3個(gè)月零11天，在這段時(shí)間里，吳石他都要準(zhǔn)備隨時(shí)可能到來的死亡：聽到走廊上腳鐐的聲響，看到牢門鑰匙的轉(zhuǎn)動(dòng)，等候與死神見面，換成普通人面對(duì)這樣的處境，早都會(huì)亂了方寸，大喊大叫，但吳石卻始終從容淡定的面對(duì)著這一切。

吳石深知自己是沒有任何指望會(huì)走出這座保密局監(jiān)牢的，因此他開始在獄中寫遺書，在最后的一段時(shí)間里，他揮筆寫下了2000多字的遺書，這份遺書意味深長(zhǎng)、感人至深，令人為之動(dòng)容。

遺書中不僅有吳石有對(duì)兒女，夫人的思念內(nèi)容，還有他為民族命運(yùn)不惜犧牲的心聲，還有他最為關(guān)切的一個(gè)遺愿，那就是希望在他就義之后，他生平的好友們能夠?yàn)槠渚幱∑渖杰娛轮骱驮?shī)詞，完成他的這個(gè)遺愿。

在寫完這份遺書后，在吳石的多番爭(zhēng)取之下，他與被同樣關(guān)在監(jiān)所之中的夫人王碧奎見了最后一面，他見到夫人王碧奎后，安撫她照顧好自己，切勿有過多的壓力，等到她出去出后，好好照顧四個(gè)兒女。

吳石在與夫人王碧奎見了最后一面，做了囑咐和一些交代后，便做好了從容赴死的準(zhǔn)備，1950年6月10日，在臺(tái)灣當(dāng)局國(guó)防部的軍事“特別法庭”上，吳石被判處了死刑，并立即執(zhí)行。

在當(dāng)天，吳石被押至臺(tái)北馬場(chǎng)町刑場(chǎng)，從容就義，在就義前，吳石從容自若的留下了他最后的詩(shī)作，詩(shī)作這樣寫道：五十七年一夢(mèng)中，聲名志業(yè)總成空。憑將一掬丹心在，泉下差堪對(duì)我翁。令人看后為之動(dòng)容！

吳石從容就義后，他的遺骸無人敢收斂，他的同族侄孫吳蔭先實(shí)在不忍，便站了出來，冒險(xiǎn)來到臺(tái)灣“軍法局”申領(lǐng)吳石遺骸，將吳石的遺骸領(lǐng)回火化，然后安置在臺(tái)北郊區(qū)的寺廟之中，長(zhǎng)達(dá)30多年之久。除此之外，他的夫人王碧奎則在多方營(yíng)救之下，走出了監(jiān)所，與孩子們團(tuán)聚在了一起。

而夫人王碧奎則是沒有辜負(fù)吳石生前的囑托，將兩個(gè)孩子養(yǎng)育的很好，將孩子們養(yǎng)育成人。

而唯一令人感到遺憾的是，吳石生前留下的遺愿終究沒有實(shí)現(xiàn)，他被捕之后，他住所內(nèi)的個(gè)人文稿，以及各種資料都被保密局的特務(wù)們抄走，使得這個(gè)事情無法完成。

但好在72年之后，這個(gè)遺愿還是在多位文人，作者的努力下得以實(shí)現(xiàn)，2022年，鄭立等人用十年時(shí)間的努力，將殘存手稿、口述和檔案拼成六十多萬字的書籍《吳石遺墨》，并得以出版，這本書籍詳細(xì)介紹了吳石在臺(tái)被捕、獄中絕筆和他提供給大陸情報(bào)的來龍去脈，使得吳石將軍這生前的遺愿終得到了彌補(bǔ)。

2023年6月10日，是吳石將軍殉難73周年紀(jì)念日，這一天，吳韶成之女吳紅代表吳家，何迪代表何家，將吳石與何遂這來兩位知己好友生前的詩(shī)畫合璧之作《長(zhǎng)江萬里圖》無償捐獻(xiàn)給了中國(guó)國(guó)家博物館，以此來實(shí)現(xiàn)了吳石與何遂這兩位革命戰(zhàn)友的心愿和囑托。