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Nat Biotechnol. | 韓國(guó)科學(xué)家借助高通量篩選發(fā)現(xiàn)病毒元件可作為mRNA疫苗穩(wěn)定性增強(qiáng)劑

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在mRNA技術(shù)迅猛發(fā)展的今天,一項(xiàng)來自韓國(guó)首爾國(guó)立大學(xué)的研究成果,正為疫苗和治療藥物注入新活力。2025年11月7號(hào),《Nature Biotechnology》雜志在線發(fā)表了由金恩姬(V. Narry Kim)教授領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)論文,他們通過大規(guī)模病毒序列篩選,識(shí)別出11種新型RNA穩(wěn)定性增強(qiáng)劑。這些元素能顯著延長(zhǎng)mRNA在體內(nèi)的壽命,同時(shí)提升蛋白翻譯效率,尤其適用于堿基修飾的mRNA療法。這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)有望解決mRNA疫苗穩(wěn)定性不足的痛點(diǎn),推動(dòng)更耐用、低免疫原性的藥物開發(fā)。


mRNA技術(shù)自新冠疫苗問世以來,已革命性地改變了疫苗和治療領(lǐng)域。但其核心挑戰(zhàn)在于mRNA在體內(nèi)的穩(wěn)定性有限,一旦進(jìn)入細(xì)胞質(zhì),mRNA易被快速降解,導(dǎo)致蛋白產(chǎn)生短暫且不充分。傳統(tǒng)線性mRNA通過體外轉(zhuǎn)錄合成,帶有5'端帽和poly(A)尾巴,并常使用假尿苷(Ψ)、N1-甲基假尿苷(m1Ψ)等修飾堿基來降低雙鏈RNA副產(chǎn)物,減少免疫激活。然而,這些修飾雖能抑制免疫傳感器如蛋白激酶R和TRIM25,但無法有效對(duì)抗去腺苷化過程——這是mRNA降解的限速步驟,由CCR4-NOT復(fù)合物主導(dǎo),導(dǎo)致poly(A)尾巴縮短,最終引發(fā)尿苷化和脫帽降解?,F(xiàn)有替代方案如環(huán)狀RNA(circRNA)或自擴(kuò)增RNA(saRNA)雖更耐用,但面臨翻譯效率低、修飾不兼容或制造復(fù)雜等問題,限制了臨床應(yīng)用。


為克服這些局限,研究團(tuán)隊(duì)從病毒中尋找靈感。病毒作為進(jìn)化高手,常利用宿主機(jī)制穩(wěn)定自身RNA。他們編譯了337種病毒物種、297個(gè)屬的基因組序列,總計(jì)196,277個(gè)197核苷酸的平鋪片段,構(gòu)建了一個(gè)覆蓋七大巴爾的摩分類系統(tǒng)的病毒庫(kù)。這遠(yuǎn)超以往篩選的廣度和深度,包括雙鏈DNA病毒如皰疹病毒,以及單鏈RNA病毒如皮科納病毒。初篩階段,他們將這些片段插入增強(qiáng)綠色熒光蛋白(EGFP)的3'非翻譯區(qū)(UTR),整合到HEK293T細(xì)胞中,通過熒光激活細(xì)胞分選(FACS)富集高表達(dá)細(xì)胞,獲得10,784個(gè)潛在增強(qiáng)劑。次篩則聚焦m1Ψ修飾mRNA,使用脂質(zhì)納米顆粒(LNP)遞送熒光素酶報(bào)告mRNA到HCT116細(xì)胞,比較轉(zhuǎn)染后0小時(shí)和36小時(shí)的RNA豐度,量化穩(wěn)定性提升。


篩選結(jié)果:131個(gè)片段顯著增強(qiáng)m1Ψ-mRNA穩(wěn)定性(調(diào)整P<0.001,對(duì)數(shù)2倍變>0.4),聚集成11個(gè)集群(A1至A11),源自不同病毒家族,如皰疹病毒科的HCMV(A1)、乙肝病毒科的HBV(A4)和皮科納病毒科的HAV(A6)。這些元素機(jī)制上通過招募末端核苷酸轉(zhuǎn)移酶TENT4(TENT4A/B)延長(zhǎng)poly(A)尾巴,形成“混合尾巴”(主要腺苷偶摻非腺苷),有效抵抗CCR4-NOT的去腺苷化。其中,10個(gè)元素共享CNGG環(huán)狀結(jié)構(gòu)(如CNGGN五元環(huán)),A7則獨(dú)樹一幟,采用分支莖環(huán)結(jié)構(gòu)。驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)顯示,所有元素在未修飾mRNA中均強(qiáng)勁提升熒光素酶表達(dá),但僅A1、A2、A4、A6和A7在m1Ψ-mRNA中保留60%以上活性,證明其修飾兼容性。短版構(gòu)造(如A7S,155nt)往往更高效,暗示核心功能區(qū)精簡(jiǎn)。


特別值得一提的是A7元素,源自皮科納病毒科的Melegrivirus A。它在多種細(xì)胞類型、遞送方式和編碼序列中均表現(xiàn)出色。通過深度誘變分析,團(tuán)隊(duì)揭示A7的結(jié)構(gòu)特征:一個(gè)帶凸起的莖(S1)連接內(nèi)部環(huán)(IL),分支出兩個(gè)小莖環(huán)(SL1和SL2)。關(guān)鍵基序包括IL中的“AGACCY”(Y為嘧啶)和SL2中的“GGGGNARUD”(R為嘌呤,D非C),這些區(qū)域?qū)Ψ€(wěn)定性至關(guān)重要。不同于其他元素依賴CNGG環(huán)招募TENT4共因子ZCCHC14,A7可能通過獨(dú)特機(jī)制實(shí)現(xiàn)尾巴延長(zhǎng)。在HCT116細(xì)胞中,A7-m1Ψ-mRNA的蛋白輸出比對(duì)照高出30倍以上,且持續(xù)時(shí)間長(zhǎng)達(dá)5天以上,遠(yuǎn)超商業(yè)疫苗UTR如mRNA-1273和BNT162b2。


體內(nèi)實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證了A7的潛力。在小鼠肝臟模型中,A7線性mRNA的蛋白水平顯著高于環(huán)狀RNA,且表達(dá)持續(xù)超過2周,而環(huán)狀RNA雖穩(wěn)定但翻譯效率低。A7還兼容多種堿基修飾,降低免疫原性:它抑制了干擾素產(chǎn)生和炎癥細(xì)胞因子響應(yīng),使mRNA更安全。研究顯示,A7在脂質(zhì)體或LNP遞送下均有效,且適用于不同編碼序列,如熒光素酶或綠色熒光蛋白。這使得線性mRNA平臺(tái)結(jié)合了高表達(dá)、耐用性和簡(jiǎn)單制造的優(yōu)勢(shì),避免了環(huán)狀RNA的環(huán)化復(fù)雜性和saRNA的dsRNA免疫風(fēng)險(xiǎn)。


這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)為mRNA療法開辟新路徑。傳統(tǒng)mRNA疫苗如新冠疫苗雖快速響應(yīng),但療效短暫;如今,融入這些穩(wěn)定性增強(qiáng)劑的線性mRNA,可實(shí)現(xiàn)持久蛋白產(chǎn)生,適用于慢性病治療、基因編輯或癌癥免疫療法。團(tuán)隊(duì)強(qiáng)調(diào),這些元素源自自然病毒,結(jié)構(gòu)緊湊,便于大規(guī)模生產(chǎn),且無明顯毒性。未來,通過優(yōu)化組合或與CRISPR等技術(shù)整合,可進(jìn)一步提升療效。

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