奴兒干都司的建立是明朝對(duì)東北女真各族招撫的成功表現(xiàn)。1403年明成祖派遣明張斌到奴兒干（特林）招撫，黑龍江下游的女真各部紛紛臣服于明朝，接受了明朝的官職冊(cè)封。

自古以來(lái)，奴兒干就是黑龍江流域的要沖，《金史》記載渤海最早在此建立了奴兒干城，后來(lái)遼國(guó)和金國(guó)都將此地作為統(tǒng)治黑龍江下游的一個(gè)據(jù)點(diǎn)。元朝為了征服庫(kù)頁(yè)島的吉列迷人，在此設(shè)置了征東元帥府。1409年，明朝鑒于奴兒干“其地沖要，宜立元帥府”，于是設(shè)置了奴兒干都司，以東寧衛(wèi)指揮康旺為都指揮同知，千戶王肇舟等為都指揮僉事。奴兒干都司的建立，代表明朝的軍事勢(shì)力開(kāi)始延伸到了黑龍江下游地區(qū)。

奴兒干都司的管轄范圍在黑龍江下游地區(qū)，涉及乞里迷、伏里其、兀剌、曩加兒、古魯、失都哈、兀失奚等部落，明朝在此冊(cè)封了十一個(gè)羈縻衛(wèi)，宣德年間增加到了十八衛(wèi)。譚其驤等學(xué)者認(rèn)為奴兒干都司管轄所有女真部落以及蒙古兀良哈等部落，這明顯是一種錯(cuò)誤的觀點(diǎn)。

奴兒干都司管轄范圍內(nèi)的族群主要有女真人、吉列迷人等，這里的女真人被明朝文獻(xiàn)稱之為“野人”。而吉列迷人就是庫(kù)頁(yè)島和黑龍江河口一帶的居民。 這一帶的居民在古代被稱為“狗國(guó)”，盛行狗拉雪橇。《永寧寺記》載“東北奴兒干國(guó)……畜養(yǎng)惟狗”。清朝將這些部落統(tǒng)稱為“使犬部”。清朝末年，邊疆地理學(xué)者曹廷杰對(duì)挽用犬習(xí)俗的分布范圍進(jìn)行了考證“自音達(dá)木河，順?biāo)苫ń瓋砂?，東盡海中庫(kù)頁(yè)島各部，俱用狗車，即狗拉爬犁，所謂使犬部也?！?音達(dá)木河是黑龍江佳木斯的一條小河，可見(jiàn)該部落的分布單位是從佳木斯到黑龍江入?？谀酥劣趲?kù)頁(yè)島一帶，也同樣和《明太宗實(shí)錄》記載的吻合。

明朝在奴兒干都司的管轄屬于一種羈縻狀態(tài)。奴兒干都司的都指揮同知、都指揮僉事等是女真人，他們的常駐地點(diǎn)是內(nèi)地或者遼東。如亦失哈為海西女真人，在明朝初期被俘虜?shù)矫鞒瘜m廷，成為了宦官。明朝在奴兒干常駐兵力只有200人，屬于象征性質(zhì)的駐兵。為了威震懾女真各部，明朝會(huì)在夏季派遣規(guī)模較大的水師沿著松花江、黑龍江順流而下進(jìn)行巡視。

1411年。亦失哈帶領(lǐng)25只船、人數(shù)1000的軍隊(duì)到達(dá)奴兒干，護(hù)送康旺赴任。此后，亦失哈每隔一年或者兩年就要帶領(lǐng)明朝軍隊(duì)巡視黑龍江。在奴兒干都司設(shè)置了20年間，明朝一共9次巡游黑龍江。為建造船只，明朝在松花江上修建了船廠，由遼東都司等重要的官員在此督造船只。

阿什哈達(dá)摩崖（明代松花江造船遺址見(jiàn)證）

1413年，亦失哈在第三次巡視奴兒干，在附近的山上修建了一座寺廟，名為永寧寺。寧寺建好后，亦失哈又豎立了一塊石碑，上刻《永寧寺記》碑文，有漢文、蒙古文、女真文、藏文四種文字，主要記載奴兒干都司建立的過(guò)程及亦失哈本人前兩次巡視的過(guò)程。

這種巡游活動(dòng)和鄭和下西洋的性質(zhì)十分相似，在巡游的過(guò)程中，除了炫耀國(guó)力之外，還會(huì)接受“貢品”，并對(duì)“進(jìn)貢”的部落進(jìn)行大規(guī)模的賞賜。但這種活動(dòng)是需要雄厚的財(cái)力來(lái)維持的，各部落要么是暫時(shí)屈服于明朝巡游的兵力，要么是貪求明朝使團(tuán)帶來(lái)的財(cái)物，因而基本都會(huì)選擇“臣服”。但巡游的軍隊(duì)一走，叛亂就很有可能發(fā)生。

松花江

明成祖時(shí)期，由于好大喜功，窮兵黷武，并開(kāi)展“萬(wàn)國(guó)來(lái)朝”的朝貢貿(mào)易，派遣鄭和下西洋，導(dǎo)致國(guó)家國(guó)庫(kù)迅速虧空。到了仁宣年間，國(guó)家財(cái)政危機(jī)嚴(yán)重，就不得不全面收縮，朝貢貿(mào)易大幅度減少，鄭和下西洋停止，邊疆的各種羈縻機(jī)構(gòu)能撤就撤，以減少開(kāi)支。因此，在仁宣年間，奴兒干都司的維系也就越發(fā)艱難。

女真人的騷動(dòng)、反抗也讓明朝維持奴兒干都司巡視的困難加大。朝貢貿(mào)易總體而言是有利于女真部落積累財(cái)富、發(fā)展壯大的，但是部分朝貢貿(mào)易卻又對(duì)女真不利，例如其中的海東青朝貢貿(mào)易。明朝非常喜歡女真進(jìn)貢的“海東青”，海東青被譽(yù)為“鷹中極品”，是東北、蒙古獵人最為喜愛(ài)的獵鷹，自遼代開(kāi)始就是貢品。女真進(jìn)貢海東青被視為臣服的象征。海東青十分稀有，捕捉也非常困難艱苦，在進(jìn)貢道路上，往往還會(huì)死去一半。

所以遼、元、清三代對(duì)海東青進(jìn)貢是有限制的，以免海東青過(guò)分損失。即使有節(jié)制，黑龍江下游的居民都會(huì)反感，因?yàn)闁|海女真以漁獵為生，失去大量的海東青，會(huì)導(dǎo)致居民捕獵困難，最終是生計(jì)困難。1346年，女真就因?yàn)椤安逗|青煩擾”發(fā)動(dòng)了叛亂。當(dāng)然，女真部落的貴族喜歡進(jìn)貢以換取大量的財(cái)富，但這些財(cái)富基本和平民百姓無(wú)關(guān)。

海東青

明朝主要官員可能對(duì)海東青的生存環(huán)境不太了解，因而也沒(méi)有限制其朝貢數(shù)量。1426年，遼東東指揮金聲說(shuō)“我與內(nèi)官二人入狗兒國(guó)，捕捉海青五十七”，“海青大半死于路上，但進(jìn)二十八”；1433年，巡游奴兒干的船隊(duì)帶回“海青三百余”只，那這次捕獲的海東青應(yīng)該在600只左右。如此大規(guī)模地征海東青，必然會(huì)引起東海女真平民的不滿。

奴兒干都司的一項(xiàng)重要職能就是收納海東青等貢品，《明實(shí)錄》記載為“統(tǒng)屬其眾，歲貢海青等物，仍設(shè)狗站遞送?！币虼?，奴兒干都司就容易成為女真人攻擊的目標(biāo)。洪熙年間，就已經(jīng)出現(xiàn)了部分女真部落叛亂的事件，導(dǎo)致奴兒干都司無(wú)法運(yùn)轉(zhuǎn)?！段涔怪俱憽酚涊d“洪熙乙巳，奴兒干?；?。永寧寺也是在此期間被吉列迷人所毀。

宣德元年，明朝派遣亦失哈帶領(lǐng)1500名官兵再次巡視奴兒干。第二年，明廷又派遣3000官兵到達(dá)奴兒干，人數(shù)到達(dá)了歷次巡視奴兒干之首。宣德四年，明廷正式宣布開(kāi)始重建奴兒干都司，松花江上的造船工作也開(kāi)始啟動(dòng)。然而，由于財(cái)政不足，造船工作一波三折。 《明宣宗實(shí)錄》宣德四年所載“造船不易，使遠(yuǎn)方無(wú)益，徒以此煩擾軍民”。宣德五年，韃靼首領(lǐng)阿魯臺(tái)又侵犯遼東，造船一事被迫中斷。

此后，明朝又在宣德六年、宣德七年兩次宣布重建奴兒干都司，可見(jiàn)其事情艱難。宣德七年五月，遼東都司指揮使劉清帶領(lǐng)明軍在在松花江督造船只，同時(shí)還捕捉海東青，私自和當(dāng)?shù)夭柯溥M(jìn)行貿(mào)易，結(jié)果凌勢(shì)欺人，激發(fā)了女真的叛亂。不久，女真人糾集各部進(jìn)攻明軍，明軍死亡八九百人，督運(yùn)的糧草也被劫掠。劉清為掩蓋罪行，對(duì)朝廷謊報(bào)士兵失蹤，直到幾年后才事情暴露。

此后，松花江航道已經(jīng)變成了一條極其不安全的航道，明朝軍隊(duì)的任何一次航行都將變成了充滿風(fēng)險(xiǎn)的賭博，極有可能有去無(wú)回。從松嫩交匯處到奴兒干有3000公里的航程，周邊部落反復(fù)無(wú)常，士兵安全無(wú)保障。

為了實(shí)現(xiàn)重建奴兒干都司，明朝在宣德七年史無(wú)前例地派出了2000人的軍隊(duì)巡視奴兒干。亦失哈等官員在奴兒干重建了永寧寺，并對(duì)周邊部族再次進(jìn)行了招撫，包括毀掉永寧寺的吉里迷人也在招撫的范圍。這時(shí)候的明朝根本沒(méi)有在黑龍江下游用兵的國(guó)力，只有通過(guò)招撫來(lái)穩(wěn)定一下局面。第二年，亦失哈的船隊(duì)就返回了遼東。這是亦失哈的第十次巡游，也是最后一次。

1435年，明宣宗去世之前下令：“凡采捕、造船、運(yùn)糧等事悉皆停止。凡帶去物件悉于遼東官庫(kù)內(nèi)寄收。其差去內(nèi)外官員人等俱令回京，官軍人等各回衛(wèi)所著役。”此事宣告明朝正式放棄了奴兒干都司。

隨后，奴兒干都司的官員基本安置在了遼東，都司都指揮同知康福擔(dān)任鐵嶺守備。王肇舟回到遼東后高老退休，其子王貴擔(dān)任奴兒干都指揮僉事，地點(diǎn)依然是遼東。不僅如此，其官員的俸祿也大幅度降低，比如王貴雖然是奴兒干都指揮僉事，但只領(lǐng)取副千戶的俸祿。這說(shuō)明，奴兒干都司名義上為內(nèi)遷，實(shí)則撤銷。