裕王爺（隆慶帝）登基，戚繼光調(diào)入京城禁軍擔(dān)任神機(jī)營副將，屬于嫡系部隊(duì)。為了遠(yuǎn)離政治漩渦，也是發(fā)揮自己特長，戚繼光申請鎮(zhèn)守邊疆區(qū)。譚綸此時(shí)擔(dān)任薊遼總督，保舉戚繼光鎮(zhèn)守北方，官至薊州總兵。

后譚綸升任兵部尚書，戚地不動(dòng)、官不動(dòng)，但是逐步進(jìn)爵（這就可以看出，戚主動(dòng)和權(quán)力中樞保持距離），先后輔佐4任薊遼總督，長達(dá)14年之久。期間與蒙古戰(zhàn)事稀少，幾乎沒有戰(zhàn)績。

戚申請將浙江訓(xùn)練的士兵（親兵）調(diào)到薊州，員額3000，這都是戚的鐵桿，后擴(kuò)充至2萬。俗稱戚家軍。

1582年，張居正逝世后不到六個(gè)月，戚繼光遭受彈劾而被罷免，后來調(diào)為廣東總兵，官階依舊。1585年，被參劾，免職，回鄉(xiāng)。朋友少有來往，又被老婆拋棄，積蓄甚少，晚年一貧如洗，甚至醫(yī)藥費(fèi)不繼。1588年，有御史上-疏建議重新起用，受萬歷駁回、責(zé)罰。三個(gè)月后，死于家中。

萬歷中期（1590年代），明朝因連年戰(zhàn)事（如萬歷三大征之寧夏之役、朝鮮之役）財(cái)政吃緊，軍餉常被拖欠。原戚家軍余部作為精銳，雖仍保持較強(qiáng)戰(zhàn)斗力，卻因遠(yuǎn)離故土、遭嫡系邊軍排擠，處境愈發(fā)艱難。萬歷二十年（1592年），日本入侵朝鮮（萬歷朝鮮戰(zhàn)爭），明廷派李如松率大軍援朝。戰(zhàn)后，部分原駐薊鎮(zhèn)（今河北一帶）的浙兵（含戚家軍舊部）被調(diào)往朝鮮留戍。

萬歷二十三年十月二十日，薊鎮(zhèn)三協(xié)（馬蘭峪、松棚路、太平路）南兵，三千三百多名南兵。因第一次東征朝鮮結(jié)束而提前撤回來預(yù)防倭寇。薊鎮(zhèn)三協(xié)的南兵（部分原戚家軍）因長期未發(fā)軍餉，向參將吳惟忠（原戚家軍將領(lǐng)）申訴，但未解決。薊鎮(zhèn)總兵官王保把他們召集到演武場，并且騙他們：今日發(fā)餉，不必著甲。隨后，士兵們高高興興前往教場等著發(fā)餉，結(jié)果總兵王保以“倡亂”為名，誘殺三千余人。南兵們等待而來的不是關(guān)于為何“長久拖欠南兵軍餉”的說法，而是無數(shù)自己人（北兵）的屠刀。這一事件被稱為“薊鎮(zhèn)兵變”或“王保殺降”。據(jù)《明神宗實(shí)錄》載，“斬首三百一十一級”（官方統(tǒng)計(jì)），但實(shí)際死亡人數(shù)可能更多（民間野史稱“坑殺三千人”）。

“南兵不顧生死，一向直前，吳惟忠（戚家軍老將，浙江義烏人，薊鎮(zhèn)南兵主將）之功最高”——《朝鮮宣祖實(shí)錄》?！皡歉笨偽┲遥憬鹑A府義烏縣人也。癸巳之役攻平壤，先登功最。”——《碧梧先生遺稿》。

《經(jīng)略復(fù)國要編》：兵部侍郎、薊遼經(jīng)略宋應(yīng)昌，定下南兵東征軍餉，普通士兵達(dá)年薪43兩余，而大明通行的募兵年薪僅為18兩。后宋應(yīng)昌援朝結(jié)束被撤回京，接著便解職隱居杭州西湖孤山，所欠軍餉自然無蹤。南兵主將吳惟忠的首功賞銀同樣沒有，最后只拿到20兩了事。

“建昌營調(diào)南兵三千留養(yǎng)……錢糧不加，含忿謀作亂。事覺，殺三千三百余口”——《朝鮮宣祖實(shí)錄》

注意措辭，謀作亂，就是還沒作亂，可能有較大的怨言，有一些不配合的行動(dòng)，但是作亂的動(dòng)作尚未彰顯。此時(shí)，銀子，那是一毛都沒有的，刀子，管夠。提前殺了，省得真作亂了，又省銀子又安全，屬于兩難自解了。

大明還有個(gè)缺大德的政策，行進(jìn)過程中的部隊(duì)，要到達(dá)目的地后，才能給補(bǔ)給。明末那些官僚把程序正確玩的登峰造極，讓著苦哈哈的丘八，去保家衛(wèi)國還不給錢不給糧食，餓著肚子上前線。

王保的行為被部分官員彈劾（《明神宗實(shí)錄》載御史馬文卿疏劾王?！皻⒔得肮Α保?，但明神宗朱翊鈞因王保“平亂有功”，僅將其調(diào)職了事，未予嚴(yán)懲。薊鎮(zhèn)兵變后，浙兵精銳損失殆盡，北方邊防實(shí)力大減。同時(shí)，此事加劇了邊軍對朝廷的不信任，成為明末兵變（如天啟年間寧遠(yuǎn)兵變）的先聲。

晚明軍事體系徹底崩潰！