我們之前整理過(guò)《腫瘤免疫12講》《純生信21天》等課程，但這些主要是針對(duì)腫瘤免疫的學(xué)習(xí)者，而對(duì)非腫瘤專業(yè)的小伙伴幫助有限！有小伙伴是非腫瘤專業(yè)的，問(wèn)我們?cè)鯓訉W(xué)習(xí)生信。相比于腫瘤，非腫瘤疾病的數(shù)據(jù)來(lái)源相對(duì)局限，主要是GEO數(shù)據(jù)庫(kù)；同時(shí)，腫瘤有很多的在線網(wǎng)站，可以在線分析、在線出圖，而非腫瘤疾病，往往需要編程基礎(chǔ)。

GEO（Gene Expression Omnibus）既包括基因表達(dá)的高通量c測(cè)序數(shù)據(jù)，也包括基因組拷貝數(shù)變異、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、甲基化狀態(tài)和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合等其他類別的高通量功能基因組數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)包括芯片數(shù)據(jù)、二代測(cè)序和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組以及空間組的數(shù)據(jù)，也包括其他類型高通量檢測(cè)得到的數(shù)據(jù)。其中不少數(shù)據(jù)都可以下載到。

數(shù)據(jù)挖掘的整體思路，①基因篩選：首先通過(guò)生信分析找出共同下調(diào)或上調(diào)的基因，類似韋恩圖；②生信驗(yàn)證：差異分析、表型分析和機(jī)制探究；③實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證：一般從臨床標(biāo)本、細(xì)胞實(shí)驗(yàn)和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)三個(gè)層次來(lái)完成。這種套路對(duì)腫瘤和非腫瘤疾病都是通用的。

最好的方法論就是實(shí)踐，以細(xì)分領(lǐng)域?yàn)楹诵那腥朦c(diǎn)，而非泛泛地學(xué)習(xí)生信，并確保每一步學(xué)習(xí)都與你的專業(yè)背景產(chǎn)生連接。首先，明確目標(biāo)！你的目標(biāo)不是龐大的“生物信息學(xué)”，而是 “如何利用生物信息學(xué)技術(shù)解決生殖醫(yī)學(xué)中的實(shí)際問(wèn)題”。例如挖掘復(fù)發(fā)性流產(chǎn)的基因組學(xué)因素、分析單細(xì)胞測(cè)序在生殖研究中的應(yīng)用、尋找新的生殖相關(guān)標(biāo)志物等。

光看是沒(méi)用的，必須動(dòng)手，讓知識(shí)在現(xiàn)實(shí)中“連接成線”。如何實(shí)現(xiàn)呢？

1. 寫(xiě)作與表達(dá)（梳理邏輯，內(nèi)化知識(shí)）。開(kāi)設(shè)一個(gè)學(xué)習(xí)筆記博客、知乎專欄或者公眾號(hào)： 強(qiáng)制自己用文字記錄學(xué)習(xí)過(guò)程。示例主題：① 我用R語(yǔ)言畫(huà)出了人生第一個(gè)PCA圖：理解樣本間關(guān)系；②文獻(xiàn)解讀：一篇 Nature 生殖文章中的生信思路拆解；③生殖醫(yī)生視角：如何看待PGT-A報(bào)告的CNV問(wèn)題？

2. 實(shí)踐與構(gòu)建（創(chuàng)造價(jià)值，驗(yàn)證熱情）。完成一個(gè)微課題：這是非常關(guān)鍵的一步。項(xiàng)目idea：從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載一個(gè)公開(kāi)的、與生殖相關(guān)（如子宮內(nèi)膜異位癥、PCOS）的基因表達(dá)數(shù)據(jù)集（GSEXXXXX）。任務(wù)：嘗試在本地或RStudio Cloud中，重復(fù)一篇小文章里的基本分析圖（如差異表達(dá)基因火山圖、熱圖）。教程：在公眾號(hào)、簡(jiǎn)書(shū)等搜索“GEO數(shù)據(jù)挖掘”或“差異表達(dá)分析”，會(huì)有手把手教程。不要怕失敗，調(diào)試錯(cuò)誤的過(guò)程就是學(xué)習(xí)。多與同行交流： 在交流群里或與同學(xué)、同事交流，嘗試用5分鐘分享學(xué)到的一個(gè)新概念（比如，什么是富集分析）。教是最好的學(xué)。

現(xiàn)在有了DeepSeek，學(xué)習(xí)生信就更容易了，任何問(wèn)題都可以想問(wèn)問(wèn)TA！

3.復(fù)盤(pán)與改進(jìn)（月末反思問(wèn)題清單）。①我是否還渴望知道GEO數(shù)據(jù)挖掘的下一步（如WGCNA、表型分析）？我是否愿意讀讀《R 數(shù)據(jù)科學(xué)》或者《R 語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)》？②我做的差異分析圖，是否能幫我更好地理解某種生殖疾病的機(jī)制？我是否看到了這項(xiàng)技能在科研和臨床中的巨大潛力？③可持續(xù)性： 我能想象自己未來(lái)一年持續(xù)學(xué)習(xí)生信，并用它來(lái)分析我遇到的臨床問(wèn)題嗎？調(diào)試代碼的痛苦和解決問(wèn)題后的快樂(lè)，哪個(gè)更強(qiáng)烈？④ 在學(xué)習(xí)過(guò)程中，我是否發(fā)現(xiàn)了比“差異表達(dá)”更有趣的方向？例如，我對(duì)利用人工智能處理圖像產(chǎn)生了興趣？（這完全可能?。?/p>

記?。杭词挂粋€(gè)月后你決定暫時(shí)放下生信，這個(gè)過(guò)程也絕非失敗。你已經(jīng)掌握了一套探索未知領(lǐng)域的元方法，你的編程基礎(chǔ)、數(shù)據(jù)思維和文獻(xiàn)閱讀能力都已成為你能力的一部分，它們會(huì)在你未來(lái)的醫(yī)生生涯中不經(jīng)意地幫到你。

最壞的結(jié)果，是你用一個(gè)月時(shí)間變得比99%的同行更懂生信與臨床專業(yè)的結(jié)合點(diǎn)。最好的結(jié)果，是你找到了撬動(dòng)自己職業(yè)生涯的新支點(diǎn)。

現(xiàn)在，你需要做的只是：馬上注冊(cè)好公眾號(hào)（或許你已經(jīng)注冊(cè)過(guò)了），找到一個(gè)你感興趣的GEO數(shù)據(jù)集。